В структуру НОЦ по водородной энергетике входят:
Лаборатория новых физико-химических проблем
Лаборатория электрокатализа и топливных элементов
Лаборатория межфазных границ и электрокатализа
Лаборатория равновесной адсорбции
Лаборатория процессов в химических источниках тока
Лаборатория физико-химических основ хроматографии и хромато-масс-спектроскопии
Лаборатория структурообразования в дисперсных системах
Лаборатория строения поверхностных слоев
«Электрокатализ и химические источники тока»
«Фундаментальные проблемы химических источников тока»